La Secretaría de Salud destaca como una de sus líneas de acción, la relevancia de "diseñar planes maestros de infraestructura y equipamiento en salud" que implica, entre otras acciones, descentralizar los servicios de especialidad de la Secretaría de Salud concentrado en las ciudades con mayor población de nuestro país, reorganización de los servicios de salud en Redes Regionales de Atención y encontrar nuevas formas de organizar y gestionar, que rompa el paradigma de la prestación de servicios basados en niveles de atención.

El Plan Maestro de infraestructura de Salud, contempló la construcción y equipamiento de cinco hospitales regionales de alta especialidad, con lo que se configuran redes regionales de atención. Y dentro de este "Plan Maestro", se detectó la pertinencia de desarrollar, en la ciudad de Mérida, Yucatán, un nuevo hospital que ofrezca servicios de salud de alta especialidad para un área de influencia que contemple los Estados de Yucatán, Campeche y Quintana Roo

Por tal motivo el 27 de Septiembre de 2002, el Lic. Vicente Fox Quesada, Presidente de la República, anuncia la construcción del Hospital Regional con Alta Especialidad en esta ciudad. El 10 de Febrero del año siguiente, se realiza la emisióón del modelo médico arquitectónico del Hospital Regional de Alta Especialidad a cargo de la Secretaría de Salud Federal, con 250 camas, 10 quirófanos y servicios de apoyos de diagnóstico y tratamiento.

El 23 de junio de 2003, el gobernador del estado de Yucatán Patricio Patrón Laviada y el Secretario de Salud, Dr. Julio José Frenk Mora, teniendo como testigo de honor al presidente de la República Mexicana Lic. Vicente Fox Quesada, firmaron el Convenio para la Construcción del Hospital Regional de Alta Especialidad de la Península de Yucatán (HRAEPY).

El 3 de Octubre de ese mismo año, se publica la licitación para el Desarrollo del Proyecto Ejecutivo del Hospital Regional con Alta Especialidad. En Marzo de 2004, La empresa ganadora entrega el proyecto ejecutivo y el 5 de Mayo siguiente, iniciaron los trabajos preliminares para su construcción, con una inversión enfocada a la delimitación de los terrenos que serán destinados para la operación de esta Institución.

En Junio de 2004, la Dirección General de Programación, Organización y Presupuesto otorga suficiencia presupuestal para el arranque de la obra. En agosto siguiente, arranca la construcción del primer edificio: Torre de Hospitalización.

En septiembre de 2005 se concluye la primera versión de bases para la adquisición del equipo médico, instrumental, red de voz y datos, con normativa del Banco Mundial. Al mes siguiente se inicia el Diplomado para el Diseño del Modelo de Gestión de los HRAES de Chiapas (Tuxtla y Tapachula); Oaxaca; Yucatán; Guanajuato (Bajío) impartido por CHC- ITESM/EGADE- DGPLADES.

En Diciembre de 2005 se realizan cambios en las dimensiones del HRAE: a 184 camas, 9 quirófanos y en servicios de diagnóstico y tratamiento, agreg´ndose: admisión continua, quimioterapia, hemodiálisis y cirugía ambulatoria. El 1 de noviembre de 2006 se integra un equipo multidisciplinario de las áreas de la salud y administrativa, bajo la Coordinación del Dr. Luis Alberto Navarrete Jaimes con la encomienda de planear y organizar el proyecto de arranque del Hospital, así como la elaboración de manuales de organización y procedimientos, dando con esto, inicio formal, a las actividades del Hospital Regional de Alta Especialidad de la Península de Yucatán.

El 29 de noviembre de 2006 se publica en el Diario de la Federación la creación del Hospital Regional de Alta Especialidad de la Península de Yucatán, como organismo descentralizado de la Administración Pública Federal, sectorizado a la Secretaría de Salud, que contará con personalidad jurídica y patrimonio propios, con domicilio en el Estado de Yucatán, y que tendrá por objeto proveer servicios médicos de alta especialidad con enfoque regional.

Para el 30 de Noviembre de ese año, la Dirección General de Planeación, Organización y Compensaciones de la Administración Pública Federal aprueba y registra la Estructura Orgánica del Hospital Regional de Alta Especialidad de la Península de Yucatán, conformada originalmente de la siguiente manera: 1 Dirección General; 5 Direcciones de área; 16 Subdirecciones de área; y 5 Jefaturas de Departamento.

Esta unidad denominada "Hospital de Regional de Alta Especialidad de la Península de Yucatán", se concibe como "Un conjunto de servicios médicos de alta especialidad, con capacidad resolutiva de los problemas de atención médica de alta complejidad, de frecuencia baja, pero que afectan de manera grave a la población; situado en el noreste de Mérida, en un terreno de 10 hectáreas, con 230 mts. de frente por 450 mts. de fondo. Su acceso principal se localiza en el Km. 8.5 de la antigua carretera a Motul".

El HRAEPY, como también se denomina al hospital, contempla una estructura organizacional innovadora, donde se busca integrar los procesos clínicos, quirúrgicos, de auxiliares de diagnóstico y terapéutica, provisión de servicios hospitalarios y ambulatorios. Es un modelo que se encuentra orientado a la atención del usuario y su familia, con una visión encaminada al desarrollo de la Enseñanza e Investigación. Tiene una capacidad proyectada de 184 camas censables (simples y dobles), distribuida en 5 niveles de hospitalización, 108 camas no censables, distribuidas en admisión continua, quimioterapia, hemodiálisis, hemodinamia, terapia adulto, terapia pediátrica, terapia neonatal, endoscopia; 43 consultorios (41 en el área de la consulta externa y 2 en admisión continua), 9 quirófanos equipados con rayos X móvil (Arco en C), videocámaras, bisturí ultrasónico, microscopios de alta especialidad, bombas de circulación extracorpórea, entre otros accesorios, así como dos quirófanos adaptados para trasplante multiorgánico; y 19 servicios de apoyo de diagnóstico y tratamiento. (Imagenología, laboratorios clínico básico y especial, fisiología pulmonar, inhaloterapia, endoscopia, potenciales evocados, hemodinamia, hemodiálisis, quimioterapia ambulatoria, etc.)

Cuenta con tecnología de última generación en equipos electromédicos: Tomografía de 64 cortes de última generación con reconstrucciones multiplanar, en tiempo real, reconstrucción de conjunto de cortes 3D. Resonancia magnética: de 1.5 Teslas, con licencias para realizar secuencias de estudios cardíacos, angiográficos, cráneo, cuello, columna vertebral, etc. Angiografo monoplanar, Rayos X digital, Fluoroscopia con telemando, Densitómetro óseo para cuerpo completo, Mastógrafo Digital de campo completo con equipo esteriotáxico digital, Litotriptor extracorpóreo, entre otros. Así como Sistemas digitales de RIS-PAC y telemetría.